En el año 2005 el señor Bolívar Blanco Álvarez presidente del comité procolegio del Pacto del Jocote manifiesta al  Ministerio de Educación Pública (MEP) el compromiso por parte de dicho comité de hacerse cargo del pago del alquiler del local exonerando de esta forma del mismo al MEP, la solicitud formal de apertura se presenta ante el MEP el 10 de noviembre del año 2005, para brindar servicio en tercer ciclo y educación diversificada, contando la misma con el criterio en contra de la apertura de la institución por parte de los directores de los centros educativos aledaños, ya que consideran que existen colegios con la  capacidad de infraestructura de atender la población estudiantil de la zona y por la cercanía geográfica de las mismas. La Dirección Regional de Educación de Alajuela recomienda la apertura de la institución fundamentándose en los estudios presentados por el Comité Procolegio del Pacto del Jocote.

En el año 2006 se abren las puertas de la institución para recibir a cuatro grupos de sétimo año, con los que se iniciaría el proceso de enseñanza y aprendizaje de los jóvenes de la comunidad. Se alquila para tal efecto un local ubicado en la Urbanización Lisboa.

El Liceo Pacto de Jocote, se crea en el año 2006, como una necesidad para el desarrollo y capacitación de jóvenes ya que se encuentra alrededor de una zona industrial muy poblada, alrededor de empresas textileras y de zonas francas que permitirían un mejor desarrollo de esta comunidad alajuelense.

En el año 2007 la institución brinda servicio en los niveles de sétimo y octavo año y su crecimiento se fue dando de forma gradual hasta que en el año 2010 la institución tiene  la primera generación de graduados con el título de Bachiller en Educación Media