En 1970 se inicia el trabajo de la Escuela de Enseñanza Especial Alajuela, gracias al esfuerzo y constancia de la profesora Marta Saborío Fonseca, por quien hoy lleva su nombre. Ella junto a un grupo de personas particulares y de gobierno lograron abrir en ese momento la Escuela de Enseñanza Especial en las antiguas instalaciones de la Escuela Juan Rafael Meoño de El Llano de Alajuela, donde se encuentra ubicada hasta hoy.
Inició con población con Retardo Mental únicamente, posteriormente se atendió población sorda, sin embargo a partir del año 2010 esta es reubicada en la Escuela Juan Rafael Meoño por reorganización de los servicios de Audición y Lenguaje en el Ministerio de Educación.
En la década de los noventa, el centro educativo empieza a atender niños que presentan discapacidades múltiples como parte de la necesidad de atención de esta población estudiantil.
A partir del año 2000 con la aprobación del Plan de Estudios de Centros de Educación Especial por parte de el MEP, la Escuela pasa a ser el Centro de Enseñanza Especial y Rehabilitación Alajuela, siempre conocido en la comunidad como Centro de Enseñanza Especial Marta Saborio. A partir de ese momento atiende estudiantes de 0 a 18 años y posteriormente hasta los 21 años. De tal forma que se estructura la atención en 3 etapas educativas: preescolar, primaria y secundaria.
Más  o menos a partir del 2000 inicia un incremento en la cantidad de estudiantes con problemas emocionales y de conducta.
Actualmente se cuenta con una matrícula de 345 estudiantes con edades de 0 a 21 años, que presentan condiciones de discapacidad intelectual, problemas emocionales y de conducta, discapacidad múltiple y en buena parte deficiencias sensoriales asociadas. Todos proceden de los diferentes distritos del cantón central de Alajuela, pero además se encuentran alumnos de los cantones de Poás, Atenas y Grecia, así como de la provincia de Heredia de los cantones de Flores y Santa Bárbara.