El Centro Educativo Lagos del Coyol,  fue creado en el año 1994, la institución inició con una matrícula de setenta y nueve estudiantes.  Durante este curso lectivo no se contaba con edificio propio, se laborada en el Salón Multiuso de la Comunidad dentro del cual se improvisaron tres aulas que sirvieron de sala de clase y biblioteca.  El comedor escolar funcionó los dos primeros años en el mismo salón.

Para el curso lectivo de 1995, se inauguró el edificio actual, en un terreno cuya área es de 5.506 metros cuadrados.  Esta obra se llevó a cabo gracias al esfuerzo y empeño del Comité Pro-Construcción, que se nombró para tal fin, y con la ayuda de los vecinos de la Comunidad, la Municipalidad de Alajuela y la empresa privada. Se edificó un pabellón con tres aulas, y dos servicios sanitarios, un orinal, un baño y una pequeña bodega. Cada aula con un espacio para más de treinta estudiantes.

A partir del Curso Lectivo1998 se incorporo la Educación Preescolar, con una matrícula de treinta y dos estudiantes.
 
En  los últimos cursos lectivos se ha participado en actividades artísticas y comunales organizadas por la Dirección Regional de Alajuela, el Ministerio de Educación Publica o de otra índole.

Desde el año 2018 se construyó una cancha multiusos nueva por donación de la Municipalidad de Alajuela, la cual cuenta con techo, un escenario y dos bodegas para almacenar artículos de educación física e instrumentos musicales. 

Por otro lado, desde el año 2019 se el se ofrece el servicio de itinerante en retardo mental.