Este Centro Educativo ya funcionaba cerca del año 1860 según documentos, se puede citar por ejemplo, una lista de empleados nacionales de instrucción pública primaria en donde aparece como maestro de la Escuela Barrio San José (nombre con que se llamó al inicio, refiriéndose al distrito) al señor Ricardo Saborío, quién laboraba como director de la sección de varones con 60 alumnos y la señorita Catalina Méndez como directora de la escuela de mujeres con un total de 40 alumnas. 

La escuela se fundó oficialmente en abril de 1886 bajo la administración del Lic. Bernardo Soto Alfaro siendo Ministro de Instrucción Pública el Lic. Mauro Fernández Acuña. Inicialmente fue abierta en una casa de adobe esquinera,  ubicada frente a la actual Arrocera Costa Rica y luego trasladada en 1903 al terreno ubicado en la esquina opuesta de la antigua Iglesia Católica, donde se encontraba el Centro de Educación y Nutrición. 

La escuela funcionó muchos años sin nombre, hasta que en 1943 por iniciativa de don Mario José Vargas Chaves, siendo don Jorge Blanco González director y don Lisímaco Villalobos, presidente de la Junta de Educación, se le dio el nombre del libertador de Argentina, Chile y Perú, General José de San Martín. 

En Noviembre de 1970 las instalaciones fueron destruidas por un incendio y en enero de 1971 se inició la construcción de la nueva escuela. La nueva instalación se edificó en terrenos comprados a los señores Juan Murillo y German Salas, lugar donde se encuentra actualmente la institución, esto es contiguo a la plaza de deportes; más adelante, en 1974 se construyó otro pabellón de 5 aulas y un salón comedor, gracias a los dineros aportados por el Comité Cívico Social Cultural. 

En los últimos años se han remodelado las aulas, los sanitarios y el frente de la escuela, gracias a gestiones de la Junta de Educación y la Municipalidad de Alajuela.